Do nedavnega so določene poškodbe pljučnega tkiva veljale za nepopravljive, vendar tudi v pljučih matične celice do neke mere zavirajo degeneracijo, ko pa ne morejo več vzdrževati homeostaze tkiva, prihaja do akutnih in kroničnih bolezni, katere navadno spremljata fibroza in odmiranje pljučnega epitela. Od leta 2009 do jeseni 2010 je v ZDA potekala klinična študija II. faze, v kateri so testirali pripravek Prochymal (intravenska infuzija alogenskih mezenhimskih matičnih celic) za zdravljenje kronične obstruktivne pljučne bolezni (KOPB).
Pokazalo se je, da je Prochymal varen, da res zmanjšuje vnetje, vendar se pljučna funkcija pacientov ni značilno izboljšala. Z matičnimi celicami bi morda lahko zdravili še emfizem, pljučno fibrozo, akutno poškodbo pljuč, pljučno hipertenzijo, akutni respiratorni distres sindrom in bronhopulmonarno displazijo pri otrocih. Pri živalih so ugotovili, da injiciranje mezenhimskih matičnih celic sproži imunomodulacijo in tvorbo novih žil, kar pomaga pri zdravljenju akutnih poškodb in hudi astmi, čeprav ne pride do prijemanja celic na mesto poškodbe.
Mezenhimske matične celice, epitelne progenitorske celice in krvotvorne matične celice pa preizkušajo tudi kot vektor vnašanja antitumorskih in proapoptotskih spojin. Odmeven primer uspešnega tkivnega inženirstva v zadnjem času je bila uspešna in vitro konstrukcija sapnice iz darovane decelularizirane sapnice, poseljene s celicami, pridobljenimi iz mezenhimskih matičnih celic bolnice.
