Sredi 90-ih je postala primeren vir alogenskih KMC tudi popkovnična kri. Za darovalko odvzem popkovnične krvi ne predstavlja nobene nevarnosti, ker gre za kri iz popkovnice, ki jo sicer zavržemo. V njej ni latentnih virusov, npr. citomegalovirusa in virusa Epstein-Bar. Poleg tega povzroča manj pojavov bolezni GVHD, kar omogoča uporabo popkovnične krvi za bolnike, ki so s prejemnikom neskladni kar v dveh glavnih HLA-antigenih. Enota ob porodu zbrane popkovnične krvi vsebuje precej nizko absolutno število matičnih celic, zato se je v preteklosti uporabljala predvsem za presaditev pediatričnim bolnikom.
Zamrzovanje omogoča shranjevanje celic, ki ostajajo viabilne in sposobne regeneracije kostnega mozga, za nedoločen čas, zagotovo pa vsaj za 20 let.
Javna banka popkovnične krvi deluje na ZTM od leta 2008 v Enoti za zbiranje popkovnične krvi. V šestih letih smo sprejeli 4625 enot popkovnične krvi, 1061 enot je ustrezalo kriterijem za hranjenje in zdravljenje s popkovnično krvjo. Od teh je 343 tipiziranih na beljakovine HLA in vpisanih v svetovni register. Od 1. januarja 2015 Enota za zbiranje popkovnične krvi ne zbira več darovane popkovnične krvi, saj je zbrala dovolj enot za slovenske potrebe po zdravljenju s popkovnično krvjo. Še vedno pa z napotnico po naročilu hematologov shranjujemo sorodno popkovnično kri, ko gre za usmerjen odvzem za bolnega sorodnika.
